Het natuurpark van de Hauts-Pays bevindt zich in een zone die tal van sites van grote biologische waarde en soms zelfs van nationale waarde telt.

Voor bepaalde plantensoorten is de Hauts-Pays de laatste vindplaats van het land (bijvoorbeeld : de zoete wolfsmelk (Euphorbia dulcis), waarvan er in België nog slechts 7 vindplaatsen bestaan, waarvan 3 in de Hauts-Pays) en voor tenminste één van deze planten gaat het om de enige vindplaats in België : de veldbies van Forster (Luzula forsteri).

In Wallonië vormen de Hauts-Pays voor tal van planten- of dierensoorten het allerlaatste toevluchtsoord ten noorden van het gebied van Samber en Maas (bijvoorbeeld voor de buxus (Buxus sempervirens)).

De aanwezigheid van nog bijzonder grote populaties van in kalkhoudende grond groeiende orchideeën (Vogelnestorchidee (Neottia nidus-avis), het bleek bosvogeltje (Cephalanthera damasonium), de bergnachtorchis (Platanthera chlorantha), de bijenorchis (Ophrys apifera), de vliegenorchis (Ophrys insectifera), de purperorchis (Orchis purpurea), de mannetjesorchis (Orchis mascula) en de bosorchis (Dactylorhiza fuchsii)) is eveneens één van de grote natuurlijke troeven van het park.

Bepaalde van deze sites met een grote biologische waarde zijn ontstaan uit oude landbouwpraktijken die momenteel in onbruik zijn geraakt (uitgestrekte maaiweiden, vochtige weilanden met rijen knotwilgen of doornhagen).

Deze landbouwzones die aan het verdwijnen zijn, of die een andere bestemming krijgen, zijn in bepaalde sectoren van de Hauts-Pays nog aanwezig. Ze worden steeds op een tamelijk extensieve manier bebouwd en herbergen een fauna (aanwezigheid van het paapje (Saxicola rubetra) bijvoorbeeld) en een flora (talrijke orchideeën van bosrijke omgevingen) die in de aangrenzende regio's totaal zijn verdwenen.